参考答案：D

解析：

2004-2009年普通高等教育本专科招生数占三类教育招生总数的比重依次为[*][*]，该比重在六年里逐渐增加，所以(1)正确。

(2)观察题干柱形图，由(1)可知2007年三类教育招生总数为2216万人，2008年为2257万人，2009年为2344万人，可见2008年的增加幅度为(2257-2216)÷2216=41÷2216＜41÷2200＜2%，2009年为(2344-2257)÷2257=87÷2257＞69÷2300=3%，(2)错误。

(3)观察题干柱形图2006年与2007年的数据可知，高等教育本专科的招生数2007年比2006年增加了566-546=20万人，中等职业教育招生数2007年比2006年增加了810-748=62万人，所以2007年高等教育本专科与中等职业教育招生数的比值比2006年的比值要小，故(3)错误。

综上所述，(2)、(3)错误，应选择D。