（1）在烧杯中溶解溶质，搅拌时不慎溅出少量溶液，导致溶液中溶质的物质的量减少，浓度偏小，故（1）错误；

（2）未将洗涤烧杯内壁的溶液转移入容量瓶，导致溶质的物质的量减小，浓度偏小，故（2）错误；

（3）容量瓶中所配的溶液液面未到刻度线便停止加水，导致溶液体积偏小，浓度偏大，故（3）正确；

（4）将配得的溶液从容量瓶转移到干燥、洁净的试剂瓶中时，有少量溅出，对配制的溶液的浓度没有影响，故（4）错误；

（5）将烧杯中溶液转移到容量瓶之前，容量瓶中有少量蒸馏水，对配制的溶液的浓度没有影响，故（5）错误；

（6）俯视刻度线和液面加水至刻度线，导致溶液的体积偏小，浓度偏大，故（6）正确；

正确的有（3）、（6），

故选D．