A、根据原子的结构可以可知：原子是由电子和原子核组成的，而原子核又是由带正电的质子和不带电的中子制成的．故A的知识结构正确，不合题意．

B、总功包括有用功和额外功．故B的知识结构正确，不合题意．

C、杠杆根据动力臂和阻力臂的大小关系可以分为省力杠杆、等臂杠杆、费力杠杆三种．故C的知识结构正确，不合题意．

D、当物体受到平衡力作用时，物体处于平衡状态（静止或匀速直线运动状态）；当物体受到非平衡力的作用时，物体做变速运动．故D的知识结构错误，符合题意．

故选D．