A、分子和原子不能比较大小，因为有的原子比有的分子大，有的分子比有的原子大，故A错误；

B、构成物质的基本粒子有分子、原子、离子，所以分子、原子、离子都能直接构成物质，故B错误；

C、在化学变化中，分子分成原子，原子再重新组成新的分子，所以，在化学反应中，分子可以再分，原子不能再分，故C正确；

D、分子间间隔与原子间间隔不能比较大小，故D错．

故选C．