2009年3月税务机关对某企业检查时发现以下情况：
1．企业将税务登记证副本挂在墙上接受税务机关检查，税务登记证正本带出外出办理各项经营活动。
2．企业将保管期满的发票登记簿经单位负责人批准后销毁。
3．企业向消费者个人开具了增值税专业发票。
4．企业为他人代开发票3份，取得好处费2万元，另应客户要求在开增值税专用发票时，将客户购买的“消费品”更换填写为“原材料”，使得对方少缴增值税、所得税等共计12万元。
要求：结合上述资料，根据我国税收法律法规制度的规定，回答下列问题：