A、有的分子比有的原子大，有的原子比有的分子大，所以分子和原子不能比较大小，故A错；

B、由分子直接构成的物质，分子保持物质化学性质，由原子直接构成的物质，原子保持物质化学性质，故B错；

C、分子与原子都是构成物质的微粒，但这不是二者的区别，故C错；

D、在化学反应中分子分成原子，原子再重新组合成新的分子，所以分子在化学反应中可以再分．而原子不能再分，故D正确．

故选D．