A、用天然水制蒸馏水的过程中没有新物质生成，属于物理变化，不能证明分子在化学反应中可以再分，故A错误；

B、电解水得到氧气和氢气说明水分子分解成氢原子和氧原子，氧原子之间结合成氧分子，氢原子之间结合成氢分子，该实验说明在化学变化中分子可以再分，故B正确；

C、用二氧化碳制干冰的过程中没有新物质生成，属于物理变化，不能证明分子在化学反应中可以再分，故C错误；

D、分离液态空气得到氧气的变化过程中没有新物质生成，属于物理变化，不能证明分子在化学反应中可以再分，故D错误．

故选B．