A、制取一种物质的方法可以有多种，如氧气的制取就用分离空气法和加热高锰酸钾分解制氧气的不同方法； 正确；

B、不同的物质相对分子质量可以相同；因物质的结构不同，但和相对分子质量是否相等没关系； 正确；

C、同种元素可以组成不同种物质，如金刚石和石墨就都是有碳元素组成的，氧气和臭氧都是由氧元素组成的单质； 正确；

D、由同种分子组成的纯净物，化学性质相同，不同种物质的分子，化学性质不同；故不正确．

故选D