参考答案：投标人具备《计算机信息系统集成资质》二级以上资质的要求应采纳。
理由：国家有关部门(文件)要求。
(2)投标人通过CMMI认证(三级以上)的要求应采纳。
理由：可以保证工程质量(对保证工程质量有促进)。
(3)在项目所在地行政辖区内进行了工商注册登记的要求不应采纳。
理由：以不合理条件限制或排斥潜在投标人。
(4)拥有国有股份的要求不应采纳。
理由：以不合理条件限制或排斥潜在投标人。
(5)取得涉密计算机系统集成资质的要求应采纳。
理由：因为系统要运行于内网，所以必须取得涉密计算机系统集成资质才能承担工作。

解析： 本问题考核的是考生对相关法律法规、部门规章、标准规范等知识的掌握与综合运用能力。
(1)投标人具备《计算机信息系统集成》二级或以上资质。这项要求是合理的，理由是，首先是这项要求并未违反相关的法律法规，其次这项要求对有效遴出选合格的承建单位有利。
(2)投标人通过CMMI认证(三级以上。这项要求合理，理由是：该项目的主要建设内容是运行于政务内网的应用软件开发，为了保证软件开发过程的规范性和软件质量，要求投标人具备CMMI认证(三级以上可以更好的达到此目标)。
(3)投标人在项目所在地行政辖区内进行了工商注册登记。这样要求违法，理由是，该要求违反了《中华人民共和国招标投标法》第六条规定“依法必须进行招标的项目，其招标投标活动不受地区或者部门的限制。任何单位和个人不得违法限制或者排斥本地区、本系统以外的法人或者其他组织参加投标，不得以任何方式非法干涉招标投标活动”。
(4)投标人拥有国有股份。这项要求违法，理由是：该要求违反了《中华人民共和国招标投标法》第六条、第十八条规定，“招标人不得以不合理的条件限制或者排斥潜在投标人，不得对潜在投标人实行歧视待遇。”
(5)投标人取得涉密计算机系统集成资质。这项要求合理，根据题目给出的项目建设内容是运行于政务内网的省级电子政务系统，因此按照国 * * 密局的有关规定，承建单位必须具备，涉密计算机系统集成资质。