（1）提出问题：尝试从日常生活、生产实际或学习中发现与生物学相关的问题．该实验探究的问题是 肉汤变质是由空气中细菌引起的吗？提出问题后，根据自己已有的知识和生活经验对问题的答案作出假设：肉汤变质是由空气中细菌引起的．

（2）该实验的变量是空气中的细菌，甲瓶与乙瓶对照，甲瓶是实验组，乙瓶对照组，甲瓶加上棉塞的目的是防止空气中的细菌进入肉汤，从而使得瓶中肉汤变质．乙瓶不加棉塞，空气中的细菌能进入到肉汤，使得肉汤变质．

（3）预测实验结果：甲瓶中肉汤不容易变质，乙瓶中肉汤容易变质．

（4）得出结论：验证假设成立，得出结论，肉汤变质是由空气中细菌引起的．

故答案为：（1）肉汤变质是由空气中细菌引起的吗？（2）防止空气中的细菌进入肉汤；（3）甲；（4）肉汤变质是由空气中细菌引起的．