参考答案：

1.施工企业将桥涵顶进工程分包出去不合法。

原因：施工企业的分包未经业主同意，分包其应征得业主同意。

2.本工程一次死亡2人，根据铁路建设质量事故的等级划分，属于一次死亡1人以上，3人以下，为大事故。

处理程序：

①事故报告

本次质量事故发生后，施工单位现场负责人应立即采取有效措施，抢救人员，并保护事故现场。施工单位必须在12小时之内向建设管理单位报告，并通知有关单位和质量监督机构。建设管理单位必须在事故发生后24小时内向铁道部建设管理司提出书面报告。

②事故调查处理

本次事故属于大事故，应由建设管理单位组织调查处理，并报铁道部备案。

工程处理方案必须经有关单位审定后，方可实施。事故处理需要进行变更设计的，按有关规定进行审批。工程质量事故处理完成后，必须经过验收合格后，方可投入使用。

3.保证营业线上的桥涵顶进的施工安全的措施：

(1)顶进涵洞施工过程中要采取有效措施对线路进行加固，防止路基塌方和线路横向移动。

(2)顶进箱身应在列车运行间隙进行，严禁在列车通过线路时顶进。

(3)顶进现场应具备适当数量的道碴、枕木、草袋、木材、钢材等料具，一旦线路变形时，应立即抢修，确保行车安全畅通。