参考答案：A,B,C

解析：选项A、C正确。《仲裁法解释》第7条规定，当事人约定争议可以向仲裁机构申请仲裁也可以向人民法院起诉的，仲裁协议无效。但一方向仲裁机构申请仲裁，另一方未在仲裁法第20条第2款规定期间内提出异议的除外。据此可知，当事人约定争议可以向仲裁机构申请仲裁也可以向人民法院起诉的，仲裁协议无效。如果甲公司向A仲裁委员会申请仲裁，乙公司在仲裁庭首次开庭前未提出异议，A仲裁委员会可对该案进行仲裁。 　　选项B正确。当事人约定争议可以向仲裁机构申请仲裁也可以向人民法院起诉的，仲裁协议无效，但是法律并没有规定管辖协议也同时无效。 　　选项D错误。《仲裁法》第26条规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉未声明有仲裁协议，人民法院受理后，另一方在首次开庭前提交仲裁协议的，人民法院应当驳回起诉，但仲裁协议无效的除外；另一方在首次开庭前未对人民法院受理该案提出异议的，视为放弃仲裁协议，人民法院应当继续审理。本题选项D中，首先没有在首次开庭前提出管辖异议，而是在开庭时提出的管辖异议，提出异议的时间晚了；其次，法律规定“仲裁协议无效的除外”，本题中甲乙公司的签订的仲裁协议无效，即便是乙公司在首次开庭前提出管辖权异议也不影响法院继续审理。因此，法院不应当驳回甲公司的起诉。