A、分子和原子的质量都很小，有的分子和原子的质量和大小可能相同，故A错误；

B、分子和原子都是构成物质的基本粒子，因此分子和原子都可以单独存在，故B错误；

C、分子和原子的本质区别是在化学变化中分子可以分成原子，而原子不能再分，故C正确；

D、分子和原子都是构成物质的基本粒子，都具有微粒的特点：质量都很小、都在不停的运动、之间都有间隔，故D错误；

故选C．