参考答案：

业主指定石料材质、颜色和样品是合理的。

监理工程师进行现场检查，对不符合要求的石料通知不允许使用是合理的。这是监理工程师的职责与职权。

承包方要求厂家退货是合理的。因为厂家供货不符合购货合同质量要求。

厂家要求承包方支付退货运费是不合理的。因为退货是厂家违约在先，厂家应承担责任。

业主代扣退货运费款是不合理的。因为购货合同关系与业主无关。

石料退货的经济损失应由厂家负责。因为责任在厂家。