A、分子是保持物质化学性质的一种粒子，它不能保持物质的物理性质；由分子构成的物质，保持物质化学性质的最小微粒是分子，由原子直接构成的物质，保持物质化学性质的微粒，就是原子，故A错；

B、在化学变化中分子分成原子，原子再重新组合成新的分子，原子是化学变化中最小的微粒，故B正确；

C、构成物质的基本微粒有分子、原子、离子，这三种微粒都可以直接构成物质，故C错；

D、构成原子的基本微粒是质子、中子和电子，但有的原子没有中子，如氢原子，故D错．

故选项为：B．