参考答案：该国企破产程序中有以下违法之处：
　　(1) 厂长自行申请企业破产不合法。根据《企业破产法(试行)》第8条第1款规定：“债务人经其上级主管部门同意后，可以申请宣告破产。”所以本案中，作为国有企业的糖厂要申请宣告企业破产，应先经其上级主管部门同意，才可以申请宣告破产，而不应自行向法院提出申请。
　　(2) 由糖厂厂长召集并主持债权人会议不合法。根据《企业破产法(试行)》第14条规定：“第一次债权人会议由人民法院召集，应当在债权申报期限届满后15日内召开。以后的债权人会议在人民法院或者会议 * * 认为必要时召开，也可以在清算组或者占无财产担保债权总额的1/4以上的债权人要求时召开。”所以，本案中由破产企业厂长主持、召集债权人会议是不合法的，法院应占无财产担保债权总额的 1/5以上的债权人要求召开债权人会议，也于法不符。
　　(3) 由潘某担任债权人会议 * * 不合法。根据《企业破产法(试行)》第13条第2款的规定：“债权人会议 * * 由人民法院从有表决权的债权人中指定。”而本案中，作为债权人会议 * * 的潘某是有财产担保而又未放弃优先受偿权的债权人，在会议中是没有表决权的，所以也就不能成为债权人会议 * * 。
　　(4) 所有的保证人均为债权人会议成员，享有表决权不合法。依《企业破产法(试行)》第13条第1款之规定，债务人的保证人在代替债务人清偿债务后可以作为债权人，享有表决权。所以本案中，不区分各个保证人的情况，统统作为债权人会议成员并享有表决权，是欠妥当的。
　　(5) 法院召开第二次债权会议的程序不合法。
　　(6) 由破产企业上级主管部门主持清算活动不合法。根据《企业破产法(试行)》第24条第1款规定：“人民法院应当自宣告企业破产之日起15日内成立清算组，接管破产企业。”而本案中，破产企业由其上级主管部门接管并进行清算活动，是不合法的。清算组成员应由人民法院从企业上级主管部门、政府财政部门等有关部门和专业人员中指定。清算组对人民法院负责并且报告工作。
　　破产法兼具实体法与程序法双重特征，应注意复习其程序规定。通过本题作答，考生应对破产程序有一个基本的印象：国有企业申请宣告破产，应首先经其上级主管部门同意，之后向有管辖权的人民法院提出申请。法院受理后，依法发出公告，通知债权人申报债权，由全体债权人组成债权人会议，并由债务人的上级主管部门提出对该企业进行整顿的申请。整顿如期完成，破产程序终止；整顿不成功，则由法院宣告企业破产，组成清算组，对破产企业的财产、债权进行清理，按破产清偿顺序对有关债权人进行清偿，结束破产程序。