参考答案：应适用《企业破产法(试行)》。因为该子公司为全民所有制企业。

解析：
　　《企业破产法(试行)》第2条规定：“本法适用于全民所有制企业。”本案中子公司的3000万元资产中，1000万元来自于国有独资公司，另2000万元属于自有国有资产，故该子公司属于全民所有制企业当无疑问。