参考答案：蛋白质与DNA的结合分两种情况：一种是非序列特异性结合，如组蛋白可以和所有DNA序列结合形成核小体，可以非特异性的组织所用基因的转录；一些蛋白质与DNA的结合是序列特异性的，不同的蛋白质识别不同的DNA短序列并与之结合，从而特异性的激活或抑制某个或某一些基因的转录。
DNA结合蛋白的检测方法有以下几种。
(1)凝胶阻滞法。DNA在聚丙烯酰胺凝胶电泳中可以向正极移动并与自身的大小有关，如果存在DNA结合蛋白就会影响DNA分子的迁移率，使其在凝胶中移动减缓。
(2)DNA足迹法。如果DNA序列上结合有蛋白质，它就会受到保护而不受核酸水解酶的消化，分离该片段序列测定后就会得知蛋白质结合的位置。