A、在物理变化中分子原子都不能分割，错误；

B、分子和原子不能比较大小，只能说由原子构成的分子，分子比构成它的原子大，错误；

C、化学变化的过程是分子破裂成原子，原子重新组合成新分子的过程，在化学变化过程中分子可以分，而原子只能重新组合，这是分子与原子的本质区别．说法正确；

D、分子和原子不能比较质量大小，可以说分子比构成它的原子质量大．错误；

故选C．