A、分子和原子不能比较大小，但由原子构成的分子，其一个分子比构成它的原子大，分子、原子都在不断运动，所以A是错误的；

B、原子构成分子，分子构成物质，而原子也可以直接构成物质．所以B说法错误．

C、在化学变化中分子先分成原子，原子再重新组合成新的分子，所以在化学变化中，分子可分，原子不可分．所以C说法是正确的．

D、有的物质是由分子构成，有的物质是由原子构成，有的物质是由离子构成，所以D是错误的；

故选C．