A、分子和原子无法比较大小，只能说由原子构成的分子，其分子一定比构成它的原子大，如不能说水分子比铁原子大，故选项错误．

B、分子、原子都能直接构成物质，故选项错误．

C、分子可分为原子，原子仍然可以再分，故选项错误．

D、在化学变化中分子分成原子，原子再重新组合成新的分子，在化学变化中，分子可分，原子不可分，这是分子和原子的主要区别，故选项正确．

故选D．