参考答案：

1．不承担。应由乙公司承担货物的风险责任，因为此时货物已经交付给乙公司。 

2．正确。因为支付货款是乙公司作为买受人的主要义务。 

3．可以。因为根据《合同法》第114条的规定，约定的违约金低于造成的损失时，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加。 

4．该批货物的损失系不可抗力造成，因而运输公司不承担赔偿责任。同时，其运费请求也不应予以支持。 

5．10万元有效，另5万元无效。 

6．B市人民法院无权管辖，因为根据最高法院解释，合同中对履行地、交货地未作约定或约定不明的，不依履行地确定案件管辖，而由被告住所地人民法院管辖。而本案中被告甲公司住所地为A市。

解析：

1．《合同法》第142条规定，标的物毁损、灭失的风险，在标的物交付之前由出卖人承担，交付之后由买受人承担，但法律另有规定或者当事人另有约定的除外。第145条规定，当事人没有约定交付地点或者约定不明确，依照本法第141条第2款第1项的规定标的物需要运输的，出卖人将标的物交付给第一承运人后，标的物毁损、灭失的风险由买受人承担。本案中，甲公司与乙公司虽未约定交付地点，但二者约定了代办托运的送货方式。在甲公司将货物交给乙公司指定的A市铁路运输公司运输时，交付已经完成，标的物毁损、灭失的风险已移转于乙公司承担。

2．《合同法》第60条规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协助、保密等义务。第159条规定，买受人应当按照约定的数额支付价款。对价款没有约定或者约定不明确的，适用本法第61条、第62条第2项的规定。本案中，货物毁损、灭失的风险责任自甲公司货交承运人之后，转移至乙公司。甲公司已依约履行了交付货物的义务，乙公司以未收到货物为由拒不付款是不符合法律规定的。因而，法院判令乙公司向甲公司支付货款是正确的。

3．在我国合同法中，违约金的功能是补偿，不具有惩罚的性质，其具体数额一般应与当事人所遭受的损失相当。《合同法》第114条明确规定，约定的违约金低于造成的损失时，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。本案中，甲乙两公司约定的违约金是合同标的的10％，即5万元，而乙公司因甲公司的迟延交付损失了5．5万元，根据该第114条的规定，乙公司可以请求人民法院予以增加。需要注意的是，约定的违约金高于实际损失时，只有达到一定的程度，即过分高于时，违约一方才能请求减少。而未违约方请求增加，则没有这种限制。

4．《合同法》第311条规定，承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担赔偿责任，但承运人证明货物毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，不承担损害赔偿责任。本案中，货物的灭失是由于在运输途中突发泥石流造成的，属于不可抗力，A市铁路运输公司不承担损害赔偿责任。

《合同法》第314条规定，货物在运输过程中因不可抗力灭失，未收取运费的，承运人不得要求支付运费；已收取运费的，托运人可以要求返还。因而，本案中，承运人因不可抗力而免责的同时，也不得要求支付运费，对于其支付运费的主张法院应不予支持。

5．《担保法》第91条规定，定金的数额由当事人约定，但不得超过主合同标的额的20％。《担保法解释》第121条规定：当事人约定的定金数额超过主合同标的额20％的，超过的部分，人民法院不予支持。本案中，主合同标的额是50万元，50万元的20％是10万元，这10万元作为定金是有效的，超出50万元的20％的另5万元是无效的。

6．根据最高人民法院《关于确定经济纠纷案件管辖中如何确定购销合同履行地问题的规定》(法发［1996］28号)的规定，当事人在合同中未约定履行地点的，以约定的交货地点为合同履行地。合同中约定的货物到达地、到站地、验收地、安装调试地等，均不为合同履行地。

同时，又规定：当事人在合同中对履行地点、交货地点未作约定或约定不明确的，或者虽有约定但未实际交付货物，且当事人双方住所地均不在合同约定的履行地，以及口头购销合同纠纷案件，均不依履行地确定案件管辖法院。本案中，当事人没有约定履行地点，依照上述规定，本案不应该依履行地确定管辖法院。

《民事诉讼法》第24条规定，合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。据此，本案应由被告住所地人民法院管辖。本案被告为甲公司，因而本案应由甲公司住所地A市人民法院管辖。

这里，考生要注意的是，《民诉意见》第19条第1款的规定与最高法院的上述解释有一定的冲突，应当按照后法优先于前法的规则予以适用。