A、分子和原子最大的区别是分子在化学变化中能够再分，而原子不能，故A错误；

B、含氧元素的化合物不一定是氧化物，如氯酸钾，碳酸钙等都含氧元素，但都不是氧化物，故B错误；

C、由一种元素组成的纯净物是单质，如果不强调是纯净物就不严密，如红磷和白磷混合在一起属于混合物，但只含磷元素，故C错误；

D、稀有气体元素的原子具有稳定结构，但在一定条件下，它们也会发生化学变化，因为性质的稳定是相对的，故D正确．

故选D．