A、直接构成物质的粒子有分子、原子和离子，由于构成不同物质的原子或离子等微观粒子的种类和数量不同，结合方式多样，使得物质具有多样性，所以正确．

B、对于由分子构成的物质来说，分子是保持物质化学性质的最小粒子，如再分成更小的原子，则不能保持该物质的化学性质，所以正确．

C、绿色化学就是环境友好化学，其核心是通过化学原理从源头消除污染，有助于人类解决环境问题，实现人与自然和谐共处，所以正确．

D、有时人需要化学反应进行得快而彻底，如工业上制产品，有时人需要化学反应进行得慢或最好不发生反应，如食品防腐时，所以错误．

故选D．