化学变化的实质是分子破裂成原子，原子重新组合成新分子的过程，在化学变化过程中分子可以分，而原子不可分，是分子与原子的本质区别．

A、原子和分子的本质区别是在化学反应中是否可再分，而不是质量和体积的大小，故选项错误．

B、原子和分子的本质区别是在化学反应中是否可再分，而不是运动和间隔的远近，故选项错误．

C、原子和分子的本质区别是在化学反应中是否可再分，而不是能否直接构成物质，故选项错误．

D、原子和分子的本质区别是在化学反应中是否可再分，故选项正确．

故选D．