分子是保持物质化学性质的最小粒子，氢气是由氢分子构成的，所以保持氢气的化学性质的最小粒子是氢分子．

A、保持氢气的化学性质的最小粒子是氢分子，故选项正确．

B、保持氢气的化学性质的最小粒子是氢分子，不是水分子，故选项错误．

C、保持氢气的化学性质的最小粒子是氢分子，不是氢原子，故选项错误．

D、保持氢气的化学性质的最小粒子是氢分子，不是氢离子，故选项错误．

故选A．