A、分子是保持物质化学性质的最小粒子；不能保持物理性质，故A错误；

B、普通氢原子核中只有质子无中子，氢原子的原子核只有一个质子，B说法也有误；

C、铁和盐酸反应生成氯化亚铁和氢气，C错；

D、酸碱的中和反应一定是生成盐和水的反应，但反之，生成盐和水的反应并不一定是中和反应，如加热五水硫酸铜晶体，生成硫酸铜粉末和水，这个反应就不是中和反应．此说法正确；

故选D