A、250mL天然气能压缩在20 mL钢瓶中，由于分子之间有间隔，分子之间间隔变小，与分子运动无关，故A错；

B、品红放入水中，消失了，而整杯水逐渐变红，由于品红分子不断运动运动到水分子之间的间隔中，与分子运动有关，故B正确；

C、在过氧化氢溶液中加入二氧化锰后得到了氧气，有新物质生成属于化学变化，有新分子生成，分子在不断运动属于物理变化，故C错；

D、两支分别装有相同体积空气和水的注射器，前者比后者容易压缩，说明气体分子之间的间隔比液体分子之间的间隔大，容易压缩，与分子运动无关，故D错．

故选B．