A、钠原子（Na）的最外层只有一个电子，失去后变为钠离子（Na+），说法正确；

B、氯原子（Cl）最外层有7个电子，得到一个电子后，变为氯离子（Cl-），氯离子再失去这个电子又变为氯原子（Cl），说法正确；

C、原子中电子的质量很小，可以忽略不计，原子的质量主要集中在原子核上，说法正确；

D、化学变化的实质是分子分解成原子，原子再重新组合成新的分子或直接构成物质，说法错误；

故选D．