A、化学变化的过程是分子破裂成原子，原子重新组合成新分子的过程，在化学变化过程中分子可以分，而原子只能重新组合，这是分子与原子的本质区别，故A说法正确；

B、分子和原子不能笼统地比较大小，一般分子比构成它的原子大，故B说法错误；

C、分子是由原子构成的，原子是由原子核和核外电子构成的，原子也可分，故C说法错误；

D、能直接构成物质的粒子有三种：分子、原子、离子，如铁是由铁原子构成的，故D说法错误；

故选A．