A、分子和分子的大小不同，原子和原子的大小也不同，所以分子和原子的大小不同，不能作为它们的本质区别；

B、金属、稀有气体等都是由原子直接构成的，水、二氧化碳、氧气等都是由分子构成的，所以它们都能直接构成宏观物质；

C、分子是保持物质化学性质的最小粒子，这是对于由分子构成的物质而言的，由原子构成的物质，保持物质化学性质的最小粒子就是原子了．

D、分子在化学反应中先分成原子，原子再重新组合成新的分子，所以说在化学反应中分子可分，原子不能再分．

故选D