A、笼统的说分子和原子是不能比较大小的，有的分子就比有的原子小，有的大，如果具体到某个分子或原子能比较大小；

B、化学反应的实质是分子分成原子，原子再重新组合成新的分子，所以在化学反应中分子能分，原子不能再分；

C、分子和原子都存在间隔，即分子间有空隙，原子间也有空隙，所以C是错误的；

D、分子和原子不管是质量还是体积都不能比较大小，因为有的原子很小，有的原子很大，有的分子很小，有的分子很大．

故选B