参考答案：A

解析： 我国《计算机软件保护条例》第19条制定了关于软件著作权中的财产权利可以转让的规定。计算机软件著作财产权按照该条的规定发生转让后，必然引起著作权主体的变化，产生新的软件著作权归属关系。原软件著作权人将不再享有软件的使用权、使用许可权和获得报酬的权利，而软件权利的受让者依法成为该软件权利人，可依照法律法规的规定行使或处分其享有的权利。
《计算机软件保护条例》第20条规定：“转让软件著作权的，当事人应当订立书面合同。”计算机软件著作财产权按照该条的规定发生转让后，必然引起著作权主体的变化，产生新的软件著作权归属关系。软件权利的转让应当根据我国有关法规以签订、执行书面合同的方式进行。软件权利的受让者可依法行使其享有的权利。例如使用权，即在不损害社会公共利益的前提下，以复制、修改、发行、翻译、注释等方式合作软件的权利。
本案例中，由于甲公司已将其开发的商业软件经约定合法转让给乙公司，因此甲公司已失去该商业软件的使用权，其再对所转让的商业软件实施修改、发行等行为，则构成侵权。