参考答案：(1)《城市规划法》规定，在城市规划区内新建、扩建和改建建筑物等工程设施，应当取得建设工程规划许可证。虽然行政单位A取得了规划许可证，但规划许可证中建设工程项目仅限于地下停车场，其在停车场上部建高层写字楼，违反了《城市规划法》，属于越征建设，是违法建设。
(2)对违法建设进行查处是城市规划行政主管部门的法定职责，而不是法院。因此，行政单位B应请求城市规划行政主管部门查处违法建筑。
(3)该市规划行政主管部门应责令建设单位停止施工，听候处理，并由行政单位对相关责任人给予一定行政处分。
(4)该市规划行政主管部门应根据城市规划要求办理，如果该高层写字楼的建设对城市规划及周围环境并无太严重影响，则要求行政单位A交纳罚款后，补办建设工程规划许可证；如果该写字楼确实对周围环境及城市规划有重大影响，则应在行政单位A交纳罚款后，拆除该建筑，并恢复地形、地貌。