参考答案：D

解析：【解析】 第二次鸦片战争期间，美国属于调停国，没有参与战争，不会获得军费赔偿，获得军费赔偿的只有英国和法国，A 项错误；在北京划定使馆区（界）是在八国联军侵华战争后的《辛丑条约》中规定的，B 项错误；在华开始工厂是在甲午中日战争后的《马关条约》中提出的，C 项错误；第二次鸦片战争后《天津条约》规定列强的商船和军舰可以沿海通商口岸和长江各口岸自由航行，D 项正确。