参考答案：B,E

解析： 根据《工程建设项目施工招标投标办法》、《工程建设工程货物招标投标办法》、《建设部关于房屋建筑和市政基础设施工程项目施工招标投标行政监督工作的若干意见》等部门规章以及《标准施工招标资格预审文件》中的一些相关规定，对资格预审申请文件的评审方法采取合格制或有限数量制。