参考答案：

解析：1．这种现象是正常的，它是由于经典遗传学和分子遗传学关于基因概念的不同理解而引起的。按照经典遗传学对基因的概念，基因具有下列共性：
(1)基因具有染色体的主要特性：自我复制与相对稳定性，在有丝分裂和减数分裂中有规律的进行分配。
(2)基因在染色体上占有一定位置(基因座)，并且是交换的最小单位，即在重组时不能再分隔的单位。
(3)基因是以一个整体进行突变的，故它又是一个突变单位。
(4)基因是一个功能单位，它控制着正在发育着的有机体的某一个或某些性状，如红花、白花等。
可以把重组单位和突变单位统称为结构单位。这样，基因既是一个结构单位，又是一个功能单位。
2．分子遗传学的发展一方面揭示了遗传密码的秘密，使基因的概念落实到具体的物质上，获得了具体的内容。另一方面，在精密的微生物遗传分析中查明，基因并不是不可分割的最小遗传单位，而是远为复杂得多的遗传和变异单位。例如，在一个基因的区域内，仍然可以划分出若干个起作用的小单位。按照现代遗传学的概念，重组、突变、功能这三个单位应该分别是：
(1)突变子(muton)：它是性状突变时，产生突变的最小单位。一个突变子可以小到只是一个核苷酸对。
(2)重组子(recon)：在发生性状的重组时，可交换的最小单位称为重组子。据微生物重组的精细研究证明，一个交换子只包含一对核苷酸。
(3)顺反子(cistron)：这一术语表示一个起作用的单位，基本上符合通常指的基因或略小的单位。一个顺反子所包括的一段DNA与一个多肽链的合成相对应。平均大小为500～1500个核苷酸。
由此可知，过去作为结构单位的基因，实际上包含大量的突变子或重组子。以往认为基因是最小的结构单位，现已不能成立了。然而关于基因是一个功能单位的概念仍然是正确的。
3．物理距离为分子遗传学关于基因概念的范畴。基因内部可能含有内含子，而遗传图距是经典遗传学关于基因概念的范畴，所以两者不一致是正常的。为了解决这一矛盾，可设计以下更精细的遗传分析实验。
(1)互补作用。假定有两个独立起源的隐性突变，它们具有类似的表型。如何判断它们是属于同一个基因的突变，还是分别属于两个基因的突变即如何测知它们是等位基因为此，需要建立一个双突变杂合二倍体，然后测定这两个突变间有无互补作用(complementation)。如有互补作用，个体应表现为野生型；如无互补作用，则个体表现为突变型。这是因为如果这两个突变型来自一个基因，则两条同源染色体都只能产生突变的mRNA，其个体表现型应是野生型。
这种根据功能确定等位基因的测验称为互补测验或顺反测验。原来，杂合的双突变体有两种不同的排列形式：顺式排列和反式排列。顺式排列是指两个突变基因座在同一条染色体上，反式排列是两个突变基因座在不同的染色体上。顺反测验就是根据顺式表现型和反式表现型来确定两个突变体是否属于一个基因或顺反子。实际上，顺式排列只是作为对照，一般并不进行测试，因为它的表现型永远是野生型。测验实质上是反式测验。如反式排列表现为野生型，说明这两个突变分别属于两个基因基因座，即非等位基因；如表现为突变型，则说明两个突变属于同一个基因的不同基因座，即等位基因。
(2)基因的微细结构。20世纪50年代的生化技术还无法进行DNA的序列测定，因此本泽尔利用经典的噬菌体突变和重组技术．，对T4噬菌体rⅡ区基因的微细结构进行了详细分析，为研究基因的微细结构提供了范例。在噬菌体染色体的三个不同部位上有三个不同的r突变型：rⅠ、rⅡ和rⅢ。研究最清楚的是rⅡ突变型。野生型T4噬菌体侵染大肠杆菌B株和K₁₂(λ)株(带有整合到大肠杆菌染色体上的λ噬菌体)，经6～10小时形成小而边缘模糊的噬菌斑；而rⅡ突变型T4噬菌体，在侵染大肠杆菌20分钟后，即形成大而边缘清楚的噬菌斑。但是rⅡ突变型只能在B株上生长，不能在K₁₂(λ)上生长。就是利用这个特点，让不同的两个rⅡ突变型杂交，然后在K₁₂(λ)株上用选择方法把重组体r⁺筛选出来，从而计算出这两个r⁺突变基因座间的重组频率。具体作法如下：
用大量的rⅡ突变体对大肠杆菌B株成对进行双重感染(double infection)，这里强调要同时，不能一先一后，否则出现排斥现象。超数感染的噬菌体迅速被宿主的DNA酶所破坏，不能参加重组。形成噬菌斑后，收集溶菌液(内含子代噬菌体)，把它接种到B株上，计算溶菌液中的总噬菌体数，因为两种rⅡ突变体(r^x、r^y)、重组体(r⁺r⁺)和(r^xr^y)都可以在B株生长。同时把溶菌液也接种到K₁₂(λ)株上，计算野生型重组体r⁺r⁺数目，因为只有r⁺r⁺可以生长，而其余三种基因型不能生长(包括重组体r^xr^y)，所以在计算重组体数目时，总要乘以2，就是因为r^xr^y虽然是预期的，但不能检出。
重组值的计算方法：
重组值=[2×(r⁺r⁺噬菌体数)/总噬菌体数]×100%
=[2×(在K₁₂(λ)株上生长的噬菌斑数)/在B株上生长的噬菌斑数]×100%
用本法可以检出小到0.001%，即十万分之一的重组值。根据大量的二点杂交法所得的重组值，去掉%，即为两个突变座位间的距离。利用大量rⅡ区内二点杂交的结果，可绘制出rⅡ区基因座间微细的遗传学图。这同二倍体通过一系列二点杂交法绘制出的连锁图是相同的。
必须指出，本泽尔所用的rⅡ突变型可分成A组和B组两类，只有当一个A组和一个B组的突变体混合感染K₁₂(λ)时，才发生溶菌现象，即互补现象。而用两个A组突变体或两个B组突变体则没有溶菌现象，即不发生互补作用。