A、构成物质，故A错误；

B、分子与原子都能保持物质的化学性质，故B错误；

C、分子和原子不能比较大小，但由原子构成的分子，其一个分子比构成它的原子大，故C错误；

D、分子与原子的本质区别是：在化学反应中，分子可分，而原子却不能再分，故D正确．

故选：D．