A、分子是保持物质化学性质的一种微粒，不能保持物理性质，故选项说法错误．

B、原子是化学变化中的最小微粒，但并不意味着原子就是最小的微粒，原子还可以继续被分成更微小的微粒子，如原子核、电子等；故选项说法错误．

C、由原子团构成的离子在化学反应中是可以再分的，如氯酸钾分解制氧气的反应中氯酸根因受热而发生了分裂，故选项说法错误．

D、分子、原子和离子都可以直接构成物质，它们都是构成物质的微粒，故选项说法正确．

故选D．