参考答案：(1)本案涉及以下民事法律关系：
①甲、乙、丙村共同投资兴建水库，共同经营，共享盈余，属于合伙关系；对于水库的所有权三村按约定的份额享有，属于按份共有关系。
②丙村与丁村签订协议，由丙村供应丁村灌溉用水，丁村支付一定的费用，属于供水合同关系。
③戊村未经所有权人允许私自截流，给丁村造成损失，对丁村构成侵权的民事关系。
④丁村破坏堤坝，侵犯了甲、乙、丙的财产权，同时又给甲村鱼塘造成损失，亦构成侵权。
⑤乙村欲向庚村转让其享有的水库份额，和庚村构成财产转让的合同关系。
(2)丙村和丁村的约定有效。根据我国《物权法》第96条规定，共有人按照约定管理共有的不动产或者动产；没有约定或者约定不明确的，各共有人都有管理的权利和义务。本案中丙村根据协议享有10万立方米蓄水量中的50%即5万立方米的用水量，其向丁村转让1万立方米的用水权的协议，经过双方协商一致，并且没有损害甲、乙两位共有人的利益，应为合法有效。
(3)丁村秧苗的损失可以向戊村要求赔偿。根据供水合同，丙村有义务向丁村供水，并将水交付丁村，双方对水的交付没有约定。按照《民法通则》第88条第3项的规定，履行地点不明确，给付货币的，在接受一方的所在地履行，其他标的在履行义务一方的所在地履行。丙村按约定开闸放水，水一出水库，即视为已经履行了其供水义务，所以丁村不能根据供水合同向丙村索赔。根据《物权法》第23条规定，动产物权的设立和转让，自交付时发生效力，但法律另有规定的除外。据此，水一流出水库，水的所有权已经从丙村转移给丁村，戊村截流，侵犯了丁村的财产权，且造成了秧苗损失5000元，丁村可以以侵权为由，向人民法院起诉，要求戊村赔偿损失。
(4)甲、乙、丙三村可以以侵权为由，作为原告起诉丁村。因为水库的所有权属于甲、乙、丙三村共有，虽然丁村认为丙村故意不按约定供水，违约在先，但其挖坏堤坝的行为不仅侵犯了丙村的物权，同时也侵犯了甲、乙村的物权，所以甲、乙、丙三村可作为共同原告，要求丁村赔偿损失。
(5)甲村鱼苗的损失是由于丁村的侵权行为造成的，应由丁村进行赔偿。
(6)甲、乙、丙三村是合伙关系，根据民法通则及合伙企业法的规定，乙村向庚村转让其所有的30%的合伙财产，应当经过其他合伙人的一致同意。本案中，乙村在转让其份额时，应征得甲、丙两村的同意。按照《民法通则》第78条及《物权法》第101条的规定，按份共有人有权要求将属于自己的财产份额分出或转让，但在出售时，其他共有人在同等条件下，有优先购买的权利。《合伙企业法》第23条也规定，合伙人依法转让其财产份额时，在同等条件下，其他合伙人有优先受让的权利。所以甲、丙两村享有在同等条件下，优于庚村购买乙村所有的财产份额的权利。