参考答案：(1)原有房屋仍归陈德俄所有。理由是：
首先，讼争房屋是陈德俄委托陈德群修建的，从房屋落成时，陈德俄即取得了房屋的所有权(在性质上属于原始取得)，且办理了房屋产权证，该房屋为陈德俄的合法财产。
其次，陈德俄委托陈德群代管房屋，陈德群对该房屋不拥有任何物权。该房屋被台风刮坏时，陈德群因无钱维修，自愿将代管房屋出卖给原琼山县商业局大致坡营业部，是对自己没有所有权的房屋进行处分，因此属于无权处分行为，根据《合同法》第51条的规定，无处分权的人处分他人财产，经权利人追认或者无处分权的人在订立合同后取得处分权的，该合同有效。陈德群在出卖房屋后，已写信告知陈德俄，后者对此直至2010年10月前从未提出异议，应视为陈德群的无权处分行为事后已得到原告的追认，因此，买卖合同有效成立。
再次，原琼山县商业局大致坡营业部虽然与陈德群订立的买卖合同有效，也实际占有、使用了该原有房屋，但未办理产权过户。根据《合同法解释(一)》第9条的规定，法律、行政法规规定合同应当办理登记手续，但未规定登记后生效的，当事人未办理登记手续不影响合同的效力，合同标的物所有权及其他物权不能转移。《物权法》第9条也规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但法律另有规定的除外。因此，即使合同有效，琼山县商业局大致坡营业部也不能取得房屋的所有权，虽然营业部曾经对原有两间房屋修缮，但此为未经所有人同意而为的添附行为，可以由所有人补偿其支出的费用。如此来看，在营业部被撤销后，其将讼争房屋(此时已经包括新建的三间房屋)移交给第三人琼山县大致坡供销社使用在性质上属于无权处分的侵权行为。
综上，可以确认原有房屋的所有权人是陈德俄。
(2)新建的三间房屋也应归陈德俄所有。
首先，琼山县商业局大致坡营业部明知自己没有办理房屋所有权变更手续，还在原有房屋上新建三间房屋，可以看做是营业部的建筑材料与陈德俄的房屋的附合。根据《民通意见》第86条的规定，非产权人在使用他人的财产上增添附属物，财产所有人同意增添，并就财产返还时附属物如何处理有约定的，按约定办理；没有约定又协商不成，能够拆除的，可以责令拆除；不能拆除的，也可以折价归财产所有人，造成财产所有人损失的，应当负赔偿责任。根据该规定，营业部的三间房屋应归陈德俄所有，但营业部的建筑材料及劳务支出等，对陈德俄而言系属无法律根据受利，应当在所受利益范围内偿还。