参考答案：本案在性质上属于相邻关系纠纷，相邻关系确定了不动产相邻各方当事人的权利义务，如果相邻关系的其中一方当事人的合法权利受到侵害，导致的结果是物上请求权或侵权责任等制度的适用。
(1)所谓相邻关系，是指不动产的相邻各方因行使所有权或使用权而发生的权利义务关系。从实质上说，相邻关系是相邻不动产的所有人或使用人行使权利的延伸或限制。对于一方来说，因提供给对方必要的便利而受到限制，对于另一方来说，因为依法取得了必要的便利而使自己的权利得到了扩张。这种权利的限制和扩张是法定的，无须当事人另外约定，但并不禁止当事人之间签订某种协议将法定权利义务具体化，只要这种协议不违背有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的精神。《物权法》第84条规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。
根据《民法通则》第83条和《民通意见》第97条至第103条的规定，相邻关系包括相邻防险关系、相邻排水关系、相邻通行关系、相邻采光关系等。本案中李保生和王爱英的协议内容虽然不是法律明文列举的相邻关系，但其本身是各方当事人为了生活方便而自愿对自己权利的约束，且协议本身没有创设法律没有规定的物权类型，《物权法》第92条规定，不动产权利人因用水、排水、通行、铺设管线等利用相邻不动产的，应当尽量避免对相邻的不动产权利人造成损害；造成损害的，应当给予赔偿。因此，应当认为该协议有效，双方当事人均应按照协议履行自己的义务。
(2)《物权法》第89条规定，建造建筑物，不得违反国家有关工程建设标准，妨碍相邻建筑物的通风、采光和日照。李保生在盖新房时，第一，未经建筑部门查线、定位，便私自动工，违背了建筑许可证关于“查线后施工”的规定，因此，该新房在性质上属于违章建筑；第二，新房的朝向违背了其与王爱英签订的协议；第三，新房的地基与王爱英的房屋地基重叠，造成了对王爱英房屋安全的威胁。上述三方面不法因素，后两者使王爱英的合法权益遭到了损害。王爱英对自己的房屋拥有所有权，所有权是一种完全的物权，任何人不得干涉所有人对标的物的支配，本案中，李保生私自改变房屋朝向，造成了王爱英日常生活的不便，破坏了王爱英对房屋支配的圆满状态，因此，应当根据实际情况，责令其停止侵害；而对于地基重叠造成的房屋安全隐患，同样基于所有权的全面性和对世性，可以责令李保生停止侵害、消除影响。这是物上请求权的具体运用和体现。另外，如果采取以上救济措施后，王爱英仍有损失，可以兼采赔偿损失这种债权保护方法。
除了以上物上请求权的救济方式，王爱英也可以直接提起侵权之诉，请求李保生承担侵权损害赔偿责任。