参考答案：计量工程师的拒绝是合理的。理由是：第一，该部分的工程量超出了设计施工图的要求，即超出了合同规定的范围，不属于计量工程师计量的范围。计量工程师无权处理合同以外的工程内容。第二，监理工程师认可的是承包方保证工程质量的技术措施，一般在未办理正式手续，发包方未批准追加相应费用的情况下，技术措施费用应由承包方自行承担。
2．对两项索赔的处理如下：
(1)地基中孤石的处理引发的索赔应该受理。因地质资料不详且是有经验的承包方预先无法预测到的，非承包方责任，并确实已造成了实际损失。
(2)雨后土壤含水过大，无法强夯，其损失的索赔不应赔偿。因尽管有了实际损失，但是有经验的承包方应能够预测到而且应该采取措施加以避免的。其责任在承包方，因而索赔不能成立，应予驳回。