A、原子是由原子核和核外电子构成的，电子的质量很小，可以忽略不计，原子核集中了原子的绝大多数质量，故选项说法正确．

B、原子和离子之间可以互相转化，原子通过得失电子变成离子，离子也可以得失电子变成原子，故选项说法错误．

C、分子、原子和离子都可以直接构成物质，它们都是构成物质的微粒，故选项说法正确．

D、由分子构成的物质发生物理变化时，构成物质的分子并没有发生改变，改变的只是分子之间的间隔；故选项说法正确．

故选B．