参考答案：(1)对查出的工程质量问题，应责成有关施工单位认真整改。如：对水下抛石不足的标段，要求施工单位根据实际情况把虚方量足额补抛到位；对不符合要求的护坡进行返修，重新砌筑块石和加进碎石砂垫层。
(2)对弄虚作假、偷工减料者立案查处，追究他们相应的责任。
(3)追究相应管理部门及其负责人的责任。