参考答案：

（1）化肥养分含量高，但种类少。有机肥养分含量低，但养分种类齐全，肥效持久。

（2）化肥中养分有效性高，有机肥含有大量有机质和微生物，能改良土壤。

（3）有些有机肥中含有有害物质如病毒、病菌、虫卵。

有机肥在农业生产上的作用：

有机肥具有改良土壤、培肥地力的作用，同时还能对化肥起到保肥、防止养分流失、固定作用。有机肥还能提高农产品品质。

化肥在农业生产上的作用：供给作物养分。