参考答案：D

解析：

在组织系统（项目组织）的设计中，项目结构图、工作流程图、组织结构图和工作任务分工表都属于常用的组织工具。其中，只有组织结构图能够反映组织系统中各工作部门之间的指令关系。因此，正确的选项为D。