参考答案：A,B,C,D

解析：选项A、D正确。最高人民检察院关于修改《人民检察院刑事诉讼规则》第四百零五条和第四百零七条的通知第一条第（一）项规定，不服人民法院已经执行完毕的刑事判决、裁定的申诉和不服人民法院缓刑决定、假释裁定的申诉，以及被害人不服人民法院已经发生法律效力且尚在执行中的刑事判决、裁定的申诉，由控告申诉检察部门办理。 　　选项B正确。该通知第一条第（二）规定，被告人及其法定代理人、近亲属不服人民法院已经发生法律效力且尚在执行中的刑事判决、裁定的申诉，由监所检察部门办理。 　　选项C正确。该通知第一条第（三）规定，不服人民法院死刑终审判决、裁定尚未执行的申诉，由审查起诉部门办理。审查起诉部门接受申诉后，应当将当事人申诉情况及时通知作出终审判决、裁定的人民法院。