参考答案：B

解析： 本题考查限期治理决定的做出机关。
《环境保护法》第29条规定：“对造成环境严重污染的企业事业单位，限期治理。中央或者省、自治区、直辖市人民政府直接管辖的企业事业单位的限期治理，由省、自治区、直辖市人民政府决定。市、县或者市、县以下人民政府管辖的企业事业单位的限期治理，由市、县人民政府决定。被限期治理的企业事业单位必须如期完成治理任务。”由本条可见：
首先，法律明确规定，限期治理的决定只能由人民政府做出，各级人民政府的环境保护部门都无权直接下达此命令。根据这一点，我们可以直接排除C、D两项。
本题考查这一法条中的一个盲点。不仔细看本法条的考生可能凭印象认为，该企业是哪级人民政府直接管辖的，就必须由哪级人民政府做出限期治理的决定，因而直接选择 A。实际上，法律将限期治理的决定权授予了省级人民政府，因而地处广东省的国务院直接管辖企业的限期治理应当由广东省人民政府决定。故本题应选B项。