答案：D

A、分子和原子不能比较大小，因为有的原子比有的分子大，有的分子比有的原子大，故A错误；

B、分子和原子的性质有：在不断运动，有间隔，体积和质量很小；故B错误；

C、构成物质的基本粒子有分子、原子、离子，所以分子、原子、离子都能直接构成物质，故C错误；

D、在化学变化中，分子分成原子，原子再重新组成新的分子，所以，在化学反应中，分子可以再分，原子不能再分，故D正确．

故选D．